Roronoa Zoro est le capitaine le plus puissant des Mugiwaras avec Sanji, notamment à l’aide de son entraînement avec Mihawk durant 2 ans après les évènements qui ont séparés l’équipage de Luffy.
Pendant sa formation, Zoro a également appris de Mihawk comment imprégner ses épées de Busoshoku Haki. Au grand dam de Zoro, Mihawk lui interdit d’avoir de l’alcool jusqu’à ce qu’il le maîtrise.
Zoro après ses 2 années d’entraînement
Après deux ans d’entraînement, Zoro (avec l’aide de Perona) est retourné dans l’archipel de Sabaody. Shakky lui a dit qu’il était le premier à revenir. Il s’est rendu chez un pêcheur, disant qu’il s’ennuyait et qu’il voulait pêcher, et il est monté accidentellement sur un bateau pirate au lieu du bateau du pêcheur (bien que la différence majeure soit que le bateau du pêcheur soit un canot pneumatique et que les pirates soient un galion). Plus tard, il s’est endormi et le pêcheur n’a pas pu le réveiller pendant que le navire était submergé. Il a été retrouvé par Sanji lorsque le navire a refait surface alors qu’il était assis sur l’un des mâts brisés après avoir coupé tout le navire en deux avec sa lame (semblable à celle de Mihawk) au réveil. Zoro dit alors aux malheureux pirates de blâmer le destin pour sa présence sur leur navire. Il déclare ensuite, par hasard, qu’il s’était trompé de navire.
Sanji déclare avec colère que ce serait pénible pour l’équipage de le chercher s’il finit par se perdre et le force à retourner sur le Sunny. Zoro classe ensuite Sanji selon l’ordre dans lequel il est arrivé (n°7), au grand dam de Sanji. Les deux hommes commencent alors leur querelle habituelle avec Zoro qui menace de couper Sanji en deux.
Après avoir reçu un appel de Franky, Sanji informe Zoro du lieu de rencontre des chapeaux de paille, qui se trouve à Grove 42. Ils entendent aussi un vacarme venant d’un bosquet voisin. Quand ils vont voir ce que c’est, ils trouvent Luffy là avec les Marines, les Pacifistas, et l’équipage du Faux Luffy au chapeau de paille. Après avoir rapidement vaincu un Pacifista, et en discutant brièvement au sujet du coup qui l’a effectivement terminé, Zoro et Sanji retrouvèrent à nouveau Luffy. Luffy, Zoro et Sanji retournent ensuite au navire. En chemin, ils croisent Rayleigh. Quand Luffy dit à Rayleigh qu’il va devenir le roi des pirates, Zoro sourit avec Sanji.
Alors que Luffy, Zoro et Sanji retournent au Sunny, ils trouvent des Marines qui bloquent leur chemin. Perona les aide en repoussant les Marines avec son Hallow négatif. Quand Zoro demande à Perona pourquoi elle est toujours là, Perona se fâche contre lui, le grondant pour avoir parlé ainsi à quelqu’un qui a été assez gentil pour l’amener à Sabaody. Zoro, Luffy et Sanji retournent ensuite au navire avec l’aide de Chopper et d’un oiseau géant. Les Marines étant retenus par leurs nouveaux alliés, l’équipage submerge sur leur navire enduit et se dirige vers l’île des Hommes-Poissons.
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L’entraînement de Zoro paye durant l’Arc des Hommes-Poissons
Alors que l’équipage s’émerveille devant l’océan environnant, Zoro déclare simplement qu’il l’a déjà vu car il a déjà embarqué par erreur sur un bateau pirate enduit. Sanji gronde ensuite Zoro pour avoir gâché le moment. Il se prépare alors à attraper un poisson à l’épée, mais est battu comiquement par Usopp et Chopper. Quand Luffy tente à nouveau d’attraper du poisson, il propose qu’il y ait une compétition à nouveau, mais perd inévitablement. L’équipage commence alors à écouter ce que Franky a à leur dire sur Kuma, pendant qu’ils mangent les bentos que Luffy a apportés. Zoro commence à se demander quelles sont les intentions réelles de Kuma car il a encore des doutes.
Avec leur vache marine, les pirates caribous ont vite rattrapé les chapeaux de paille et se sont préparés pour la bataille. Le caribou saute sur le Sunny. Avant que son équipage ne puisse le suivre et s’avère être Momoo qui a fui après avoir vu Nami, Sanji et Luffy, laissant Caribou derrière eux. Zoro interroge ensuite Caribou s’il est le capitaine de cet équipage et Caribou se met à genoux, incline la tête et prétend frénétiquement qu’il est une victime malheureuse et non un pirate. Une fois cela réglé, les chapeaux de paille naviguent dans les courants sous-marins. Quand ils atteignent la « chute d’eau sous-marine », ils rencontrent le Kraken. Lorsque Zoro voit le Kraken détruire le navire de Caribou, il remarque que l’équipage de Caribou ressemble à des méduses, au grand désarroi de Caribou. Zoro, Luffy, et Sanji s’équipent alors et combattent le Kraken dans la mer. Pendant la bataille, Zoro a coupé un des tentacules du Kraken au grand dam de Luffy. Luffy, Zoro et Sanji battent rapidement le Kraken, mais se sont séparés du navire en descendant la « chute sous-marine ».
Luffy apprivoisa avec succès le Kraken et l’appela Surume. Malheureusement, le revêtement de Luffy et Sanji avait éclaté, alors Zoro a dû partager le sien avec eux. Après quelques recherches, Luffy, Zoro et Sanji ont finalement trouvé les Mille Soleil et le reste des chapeaux de paille juste à temps pour que Surume les sauve d’un Umibouzo.